En raison de la relative abondance de sa végétation naturelle, la commune de Mangodara constitue un important refuge pour de nombreuses espèces de mammifères, d’oiseaux et de reptiles. Ainsi, selon des études conduites en 2006, la Forêt Classée et Réserve Partielle de Faune de la Comoé-Léraba abrite 123 espèces de mammifères, 464 espèces d’oiseaux et 62 espèces de reptiles (BELEMSOBGO U., 2006 ; KARAMA M, 2006).
Les espèces fauniques de mammifères les plus rencontrées sont le phacochère, l’hippotragues, le bubale, le buffle, le cob de Buffon, le cob de fassa, le guib harnaché, le céphalophe, le cynocéphale, l’éléphant, l’hippopotame, l’aulacode, les mangoustes, les écureuils, l’hyène, les singes, etc. Les oiseaux rencontrés sont le grand calao d’Abyssinie, l’outarde de Denham, les cigognes, les pigeons, les pintades sauvages, etc.
Dans le domaine cynégétique, l’Association inter-villageoise de Gestion des Ressources Naturelles et de la Faune de la Comoé-Léraba (AGEREF/CL) intervient dans la commune de Mangodara. Elle est concessionnaire de la Forêt Classée et de la Réserve Partielle de Faune de la Comoé-Léraba (FCRPF/CL) depuis 2001. Les principales activités qu’elle mène actuellement dans ce domaine sont l’aménagement, la protection et le suivi-écologique de la FCRPF/CL, la valorisation durable des ressources de la FCRPF/CL (tourisme de vision, pêche, chasse sportive, Eco-tourisme), la valorisation des PFNL, l’accompagnement des communes en matière de GRN.
La commune de Mangodara est située sur le bassin versant de la Comoé. Les ressources en eau de surface de la commune de Mangodara sont constituées par le fleuve Comoé et ses affluents auxquels s’ajoutent de nombreuses rivières qui sont essentiellement la rivière Koflandé, le Koba, le Kadiadjé, le Goungolo, le Gartou, le Yablé. Le fleuve Comoé est le seul cours d’eau permanent de la commune.
Les eaux souterraines de la commune sont peu abondantes du fait de la nature géologique des roches sous-jacentes (roches cristallines). Le corollaire de cette situation est que de nombreuses tentatives d’infrastructures d’eau potable aboutissent à des forages négatifs ou des forages de faibles débits.
